中药和西药在临床上的联合应用非常普遍，中西药物间存在的配伍禁忌因此也应高度重视。现就中药与西药抗菌药间的配伍禁忌举例如下。 
　　含有机酸的中药，如五味子、金银花、山茱萸、女贞子、乌梅、白芍、山楂、枳实、木瓜、陈皮等，忌与氨基糖苷类、大环内酯类抗菌药配伍，因这类中药经体内代谢后均能使尿液酸性增强，使以上抗菌药的抗菌效力减弱。含有机酸的中药也忌与磺胺类药物及其乙酰化合物配伍，因其导致的酸性环境可使磺胺类药物的溶解度降低，致使磺胺类药在泌尿系统中析出，形成结晶，引起结晶尿、血尿、尿闭等情况。 
　　碱性较强的中药，如海螵蛸、龙骨、牡蛎、瓦楞子，一些成药如大黄苏打片、乌贝散等，与氨基糖苷类抗菌药配伍，能使氨基糖苷类抗菌药吸收增加，血药浓度上升，作用增强，耳毒性等副作用同时增加，长期配伍应用应注意剂量调整和监测。忌与青霉素类、头孢菌素类、四环素类、呋喃妥因等配伍使用，因碱性环境可影响这些药物的吸收，使功效降低。 
　　含金属离子成分的中药，如石膏、珍珠母、龙骨、牡蛎、滑石、明矾、代赭石、磁石等贝壳、矿物类中药，忌与四环素类、大环内酯类抗菌药配伍使用，以免使抗菌药药效降低或消失。 
　　含丰富鞣质的中药，如五倍子、诃子、石榴皮、地榆等，与四环素类、林可霉素等药物配伍易生成鞣酸盐沉淀物，使药物失去疗效。同时因这些鞣质本身对肝脏具有一定毒性，与红霉素、四环素、利福平、异烟肼等肝毒性较强的药物配伍使用，可加重肝脏损害。 
　　有较强抗菌作用的中药，如金银花、蒲公英、黄连、黄芩、连翘、鱼腥草等，忌与微生态制剂如乳酶生、酵母片、整肠生、促酶菌素片等合用，这些中药能使微生态制剂的活性受抑制或降低。